آزمایشگاه نانو مراغه در سال ۱۳۹۴ توسط باشگاه دانش‌آموزی نانو در محل پژوهش‌سرای دانش‌آموزی مراغه تاسیس و تجهیز گردید. طی چند سال این آزمایشگاه جزء آزمایشگاه‌های برتر شبکه آزمایشگاهی توانا بوده و همچنین دانش‌آموزان این مرکز موفق به کسب مدال‌های رنگارنگ در المپیاد دانش‌آموزی علوم و فناوری نانو و رتبه‌های برتر در مسابقه ملی توانمند شده‌اند.